Razvoj i komercijalizacija inhibitora ljudske DNA metiltransferaze Dnmt1 s ciljem reprogramiranja funkcionalne organizacije genoma ljudskih stanica


 

 

 

Sažetak: Sveučilišna potpora bila je ključna za uspostavljanje naše istraživačke grupe (www.svedruziclab.com). Uz pomoć sveučilišne potpore uspjeli smo ostvariti početne rezultate koji su nam omogućili dobivanje 2 aktivna projekta, u vrijednosti od cca 1,2 milijuna kuna. Prvi projekt je suradnja s malom farmaceutskom tvrtkom iz SADa, u vrijednosti od 100 tisuća USDa. Cilj projekta je ispitivanje djelovanja potencijalnih lijekova u staničnim kulturama. Drugi projekt je HrZZ projekt, u vrijednosti od oko 670 tisuća kuna. Prijavili smo i dva nova projekta. Prvi projekt suradnja a John Hopkins sveučilištem na programu “Human Frontiers Science Program”, vrijednost programa je 350 tisuća dolara. Drugi projekt je HrZZ projekt na kojem smo prijaveljni kao suradnici, vrijednost projekta je milijun kuna.

Rad na projektima nam ide izuzetno dobro, želja nam je održavati konkurentnost s vrhunskim laboratorijima u svijetu. Na žalost ne možemo postići željenu aktivnost rada u laboratorijima zbog poteškoća u sistem nabave potrošnog materijala. Početkom ove godine imali smo zastoj u nabavama od čak šest mjeseci!!! U nabavki potrošnog materijala uključeno je 14 ljudi na sveučilištu. S tako kompliciranom administrativnom mrežom nemoguće je efikasno i transparento poslovati.

 

Opis troškova:

Projektom sveučilišne potpore financirali smo četiri vrste djelatnosti. Prva djelatnost je in silico dizajn novih lijekova i analize aktivnosti molekula. In silico istraživanja rade se na novom superračunalu Bura, i na računalima u računalnom laboratoriju na Odjelu za Informatiku. Druga djelatnost je priprava novih lijekova u suradnji sa specijaliziranim laboratorijima za organske sinteze. Treća djelatnost je ispitivanje djelovanja lijekova u staničnim kulturama i u biokemijskim mjerenjima. Četvrta djelatnost je objavljivanje rezultata u međunarodnim znanstvenim časopisima i predstavljanje rezultata na međunarodnim konferencijama. Do sada smo potrošili sveukupno 60 899,74 HRK. Ukupno smo dobili 67 143,72 HRK, preostalih 6 243,98 HRK planiramo koristiti za objavljivanje rezultata u međunarodnim časopisima do rujna 2016 godine.

 

In silico studije. U ovom projektu smo surađujemo s Odjelom za informatiku što nam je uštedjelo značajna sredstva jer nismo morali kupovati informatičku opremu i komercijalne softwareske pakete. Doktor računalnih znanosti Vedran Miletić osposobio nas je za rad na “open source” programima s akademskom licencom. Glavni trošak na ovom djelu projekta bilo su putovanje seminare kako bi se obučili za rad na različitim programima. Ukupni trošak za sudjelovanje na seminarima je 8 435,24 HRK. Međutim uštedjeli smo preko deset tisuća eura jer nismo morali kupovati licence za komercijalne programe.

 

Priprava novih lijekova. Ovaj dio projekta radimo u suradnji sa specijaliziranim laboratorijima za organske sinteze i s kolegama na našem odjelu koji se bave organskim sintezama. Ukupan trošak na ovom djelu projekta je 21 343,21 HRK. Troškove dijelimo sa suradnicima.

 

Ispitivanje djelovanja novih lijekova: u ovom dijelu projekta radimo na staničnim kulturama i u biokemijskim mjerenjima. Ovaj dio projekta obavlja se u cijelosti na našem odjelu. Eksperimentima rade naši student kao dio njihovih završnih radova. Na ovom djelu projekta potrošili smo 23 165,08 HRKa.

 

Objavljivanje rezultata u međunarodnim znanstvenim glasilima i predstavljanje rezultata na međunarodnim konferencijama. Međunarodna vidljivost naše djelatnosti i naših rezultata ključni su za osiguravanje financiranja naših projekata u budućnosti. Za sada smo za promociju naših rezultata u međunarodnim glasilima potrošili 7 956,21 HRKa. U sljedećih par mjeseci namjeravamo potrošiti na objavljivanje u međunarodnim časopisima 6 234,98 HRKa.

 

 

Postignuća:

 

Nagrade: Radeći na našem projektu student Ivica Odorčić dobio je rektorovu nagradu za istraživanja u biomedicinskim znanostima u 2016 godini. Dr Vedran Miletić je dobio postdoktorsku poziciju na Sveučilištu u Heidelbergu.

 

Publikacije: Jedna publikacija je objavljena,  druga publikacija je u procesu objavljivanja u časopisu koji ima factor utjecaja veći od 5.

1.       Nikolić, P., Miletić, V., Odorcić, I., and Svedružić, Ž.M. (2016). In Silico Optimization of the First DNA-Independent Mechanism-Based Inhibitor of Mammalian DNA Methyltransferase DNMT1. In Epi-Informatics, (Boston: Academic Press), pp. 113–153.

2.       Nikolić, P., Miletić, V., Odorcić, I., and Svedružić, Ž.M. (2016). In Silico preparation of the First DNA-Independent Mechanism-Based Inhibitor of Mammalian DNA Methyltransferase DNMT1. In preparation.

 

Međunarodni kongresi:

1.       248th ACS National Meeting and Exposition. ChemEpInformatics: In the Pursuit of Epidrugs Using Chemoinformatics and Computational Approaches, August 10–14, 2014, San Francisco, CA, USA. DNA methyltransferase Dnmt1: Regulation and novel drug-design strategies

2.       EuroSciCon: Alzheimer’s Drug Discovery and Development, June 25, 2014, London, UK. Modulators of γ-secretase activity can facilitate the toxic side-effects and pathogenesis of Alzheimer’s disease.

3.       Nikolić P., Miletić V., and Svedružić, Ž. M. DNA Methyltransferase Dnmt1: Regulation of Substrate Selectivity. In 6th OEGMBT Annual Meeting 2014 Abstract Book, edited by Alexandra Khassidov, Walter Glaser, and Christoph Klimek, 129. Vienna, Austria: Austrian Association of Molecular Life Sciences; Biotechnology; Servicebetrieb ÖH-Uni Graz GmbH. (2014).

 

 

kopija mog potpisa.JPG

 

Željko Svedružić

www.svedruziclab.com

zeljko.svedruzic@biotech.uniri.hr

385-51-584-575

 


Istraživački tim
doc. Željko Svedružić, dr.sc. zeljko.svedruzic@biotech.uniri.hr
Dr.sc. Marin Roje roje@irb.hr
Vitomir Šunjić prof. dr. sc. sunjic@hazu.hr

doc. Željko Svedružić dr.sc.

Odjel za biotehnologiju

mobitel: n.a.
e-pošta: zeljko.svedruzic-AT-biotech.uniri.hr
prostorija: Kampus Trsat, Toranj odjela, ured 823

javni profil https://profiles.google.com/106720515809875304148/about
web page of the laboratory