Portfelj
asist.
Marko Njirjak
mag. ing. comp.
Tehnički fakultet
Zavod za računarstvo
Kontakt
Vidljivost
Obrazovanje
2020. -
Doktor znanosti
Poslijediplomski sveučilišni doktorski studij (računarstvo)
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
2018. - 2020.
Magistar inženjer računarstva (summa cum laude)
Diplomski sveučilišni studij računarstva
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
2015. - 2018.
Prvostupnik inženjer računarstva (summa cum laude)
Preddiplomski sveučilišni studij računarstva
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
Radno iskustvo
22.9.2025. - 24.10.2025.
Mladi znanstvenik
Erasmus stručno usavršavanje u području računalnog dizajna liganada estrogenskih receptora alfa i beta.
Odjel za kemijske i farmaceutske znanosti, Sveučilište u Trstu (Trst, Italija)
31.10.2023. - 3.12.2023.
Mladi znanstvenik
Erasmus stručno usavršavanje u području peptidnih inhibitora BACE-1 enzima.
Odjel za biokemiju, mikrobiologiju, biologiju stanica i genetiku, Sveučilište La Laguna (Tenerife, Španjolska)
22.9.2023. - 26.10.2023.
Mladi znanstvenik
Erasmus stručno usavršavanje u području peptidnih inhibitora BACE-1 enzima.
BiHELab - Laboratorij za bioinformatiku i humanu elektrofiziologiju, Odjel za informatiku, Jonsko Sveučilište (Krf, Grčka)
1.10.2020. -
Asistent
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
1.10.2019. - 1.11.2019.
Stručna praksa
Huawei Technologies Co. Ltd.
Nagrade i priznanja
2020.
Dekanova nagrada
2019.
Dekanova nagrada
2016.
Dekanova nagrada
Nastavna djelatnost
Kolegiji
2021. -
Evolucijsko računarstvo
Diplomski sveučilišni studij računarstva
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
2020. - 2021.
Inženjerstvo kompleksnih programskih sustava
Diplomski sveučilišni studij računarstva
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
2020. -
Programsko inženjerstvo
Preddiplomski sveučilišni studij računarstva
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
2020. -
Programiranje 2
Preddiplomski sveučilišni studij računarstva
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
Znanstvena djelatnost
Znanstveni radovi
2025.
A multi-library approach to parallelised sequence space exploration: Streamlining library design and search space coverage
Njirjak, Marko; Otović, Erik; Kalafatovic, Daniela; Mauša, Goran
Computers in Biology and Medicine - 198 10
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0010482525015604
Q1 WOS
2024.
Reshaping the discovery of self-assembling peptides with generative AI guided by hybrid deep learning
Njirjak, Marko; Žužić, Lucija; Babić, Marko; Janković, Patrizia; Otović, Erik; Kalafatovic, Daniela; Mauša, Goran
Nature Machine Intelligence
https://www.nature.com/articles/s42256-024-00928-1
Q1 WOS Exc
2023.
Configurable soft computing-based generative model: The search for catalytic peptides
Mauša, Goran; Njirjak, Marko; Otović, Erik; Kalafatovic Daniela
MRS Advances
https://doi.org/10.1557/s43580-023-00629-8
Q4 WOS
2022.
Sequential Properties Representation Scheme for Recurrent Neural Network-Based Prediction of Therapeutic Peptides
Otović, Erik; Njirjak, Marko; Kalafatovic, Daniela; Mauša, Goran
Journal of chemical information and modeling
http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00526
Q1 WOS
2022.
The Choice of Time–Frequency Representations of Non-Stationary Signals Affects Machine Learning Model Accuracy: A Case Study on Earthquake Detection from LEN-DB Data
Njirjak, Marko; Otović, Erik; Jozinović, Dario; Lerga, Jonatan; Mauša, Goran; Michelini, Alberto; Štajduhar, Ivan
Mathematics
http://dx.doi.org/10.3390/math10060965
Q1 WOS Exc
2022.
Intra-domain and cross-domain transfer learning for time series data – How transferable are the features?
Otović, Erik; Njirjak, Marko; Jozinović, Dario; Mauša, Goran; Michelini, Alberto; S̆tajduhar, Ivan
Knowledge-Based Systems
http://dx.doi.org/10.1016/j.knosys.2021.107976
Q1 WOS
Pozvana predavanja
30.8.2024.
Overcoming antibiotic resistance: A machine learning pipeline for antimicrobial peptide discovery
Njirjak, Marko; Otović, Erik
Firenca, Italija
7.2023.
Efficient evolutionary computing
Otović, Erik; Njirjak, Marko; Mauša, Goran
Coimbra, Portugal
7.2022.
Applying Soft Computing for Sustainability
Otović, Erik; Njirjak, Marko; Mauša, Goran
Rijeka, Hrvatska
Kongresna priopćenja
25.8.2024. - 31.8.2024.
AI-driven design of β-secretase 1 inhibitors
Njirjak, Marko; Kalafatovic, Daniela; Mauša, Goran
Poster
37th European Peptide Symposium and 14th International Peptide Symposium Firenca, Italija
6.2023.
Soft Computing Guided Discovery of Active Peptides
Mauša, Goran; Njirjak, Marko; Otović, Erik; Žužić, Lucija; Babić, Marko; Janković, Patrizia; Kalafatovic, Daniela
Poster, flash talk
28th American Peptide Symposium Scottsdale, SAD
1.12.2022.
Genetic Algorithm-enhanced Parallel Chemical Space Exploration Utilising Multiple Peptide Libraries
Njirjak, Marko; Kalafatovic, Daniela; Mauša, Goran
Poster
The 11th Austrian Peptide Symposium Beč, Austrija
30.10.2022. - 04.11.2022.
Soft computing for constructive peptide design and peptide activity prediction
Mauša, Goran; Otović, Erik; Njirjak, Marko; Erjavac, Ivan; Kalafatovic, Daniela
Poster
Chemistry and Biology of Peptides Gordon Research Conference Oxnard, Kalifornija, SAD
01.09.2022. - 02.09.2022.
Genetic Algorithm-Enhanced Parallel Chemical Space Exploration Utilising Multiple Peptide Libraries
Njirjak, Marko; Kalafatovic, Daniela; Mauša, Goran
Poster
5th RSC-BMCS / RSC-CICAG Artificial Intelligence in Chemistry Cambridge, Ujedinjeno Kraljevstvo
27.09.2021. - 28.09.2021.
Machine learning guided genetic algorithm for the discovery of novel antimicrobial peptides
Njirjak, Marko; Otović Erik; Kalafatović, Daniela; Mauša, Goran
Poster
4th RSC‐BMCS / RSC‐CICAG Artificial Intelligence in Chemistry Symposium London, Ujedinjeno Kraljevstvo
19.04.2021. - 30.04.2021.
Intra-domain and cross-domain transfer learning for time series
Otović, Erik; Njirjak, Marko; Jozinović, Dario; Mauša, Goran; Michelini, Alberto; Štajduhar, Ivan
Poster
EGU General Assembly 2021 Beč, Austrija
19.04.2021. - 30.04.2021.
Machine Learning Classification of Cohen's Class Time-Frequency Representations of Non- Stationary Signals: Effects on Earthquake Detection
Njirjak, Marko; Otović, Erik; Jozinović, Dario; Lerga, Jonatan; Mauša, Goran; Michelini, Alberto; Štajduhar, Ivan
Poster
EGU General Assembly 2021 Beč, Austrija
30.9.2020.
Smartphone Based Range of Motion Measurement in Physiotherapy
Njirjak, Marko; Otović, E; Budimir, Marko; Vlahović, H; Tomić, M; Marijančić, V
Prezentacija
2020 43rd International Convention on Information, Communication and Electronic Technology (MIPRO) Opatija/online
17.09.2020. - 19.09.2020.
Genetic Algorithm Parametrization for Informed Exploration of Short Peptides Chemical Space
Otovic, Erik; Njirjak, Marko; Zuzic, Ivana; Kalafatovic, Daniela; Mausa, Goran
Poster
SoftCOM 2020 Hvar, Hrvatska
Javno djelovanje
Popularizacija znanosti
2021.
Pint of Science
Rijeka/online
Intervjui
2022.
Grad znanja: Kava, kolač, algoritmi Marka Njirjaka
Stilueta
Rijeka
24.11.2019.
IT karijera u Hrvatskoj ili u inozemstvu? Inozemstvo je privlačno, ali "ljepše mjesto za rad od riječkog zaljeva zaista je teško pronaći"
Zimo (Dnevnik.hr)
Rijeka
Novinski članci
1.12.2019.
PUT U SHENZEN: Riječki studenti ostali oduševljeni posjetom Huaweiju
Novi list
Rijeka
13.11.2019.
Hrvatski studenti vratili se s prakse u Huaweiju puni dojmova: Jako nas cijene
Večernji list
Zagreb
4.11.2019.
Hrvatski studenti javili su se iz Huaweija: ‘Kompaniji su fokus zaposlenici, a Kinezi nas obožavaju zbog nogometa’
Telegram.hr
Zagreb
26.10.2019.
Predstavljeno prvih deset hrvatskih studenata koji odlaze na praksu u Huawei
Zimo (Dnevnik.hr)
Zagreb
Medijski nastupi
25.10.2020.
Konferencija za medije povodom odlaska u Huawei
Zagreb
Projekti
Znanstveni projekti
2020. - 2025.
Design of short catalytic peptides and peptide assemblies
Suradnik
HRZZ 1,999,600.00 HRK
2020. - 2023.
Applying Machine Learning for the Discovery of Peptides with Catalytic Activity
Suradnik
Sveučilište u Rijeci
2020. - 2023.
SUSTRAINABLE - Promoting Sustainability as a Fundamental Driver in Software development Training and Education
Suradnik
Erasmus+
2020. - 2021.
SARS-CoV-2 Supramolecular Mimetics for Discovery of Peptides That Induce Viral Entrapment
Suradnik
Sveučilište u Rijeci
Projekti u znanosti - Suradnik na projektu
Prof. dr. sc.Goran Maušamag. ing. el.
Predviđanje terapeutskih peptida zasnovano na dubokom učenju
Tehničke znanosti
Prof. dr. sc.Goran Maušamag. ing. el.
Primjena strojnog učenja za pronalazak katalitički aktivnih peptida
Tehničke znanosti