Portfelj
asist.
Marko Njirjak
mag. ing. comp.
Tehnički fakultet
Zavod za računarstvo
Kontakt
Vidljivost
Obrazovanje
2020. -
Doktor znanosti
Poslijediplomski sveučilišni doktorski studij (računarstvo)
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
2018. - 2020.
Magistar inženjer računarstva (summa cum laude)
Diplomski sveučilišni studij računarstva
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
2015. - 2018.
Prvostupnik inženjer računarstva (summa cum laude)
Preddiplomski sveučilišni studij računarstva
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
Radno iskustvo
31.10.2023. - 3.12.2023.
Mladi znanstvenik
Erasmus stručno usavršavanje u području peptidnih inhibitora BACE-1 enzima.
Odjel za biokemiju, mikrobiologiju, biologiju stanica i genetiku, Sveučilište La Laguna (Tenerife, Španjolska)
22.9.2023. - 26.10.2023.
Mladi znanstvenik
Erasmus stručno usavršavanje u području peptidnih inhibitora BACE-1 enzima.
BiHELab - Laboratorij za bioinformatiku i humanu elektrofiziologiju, Odjel za informatiku, Jonsko Sveučilište (Krf, Grčka)
1.10.2020. -
Asistent
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
1.10.2019. - 1.11.2019.
Stručna praksa
Huawei Technologies Co. Ltd.
Nagrade i priznanja
2020.
Dekanova nagrada
2019.
Dekanova nagrada
2016.
Dekanova nagrada
Nastavna djelatnost
Kolegiji
2021. -
Evolucijsko računarstvo
Diplomski sveučilišni studij računarstva
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
2020. - 2021.
Inženjerstvo kompleksnih programskih sustava
Diplomski sveučilišni studij računarstva
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
2020. -
Programsko inženjerstvo
Preddiplomski sveučilišni studij računarstva
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
2020. -
Programiranje 2
Preddiplomski sveučilišni studij računarstva
Tehnički fakultet Sveučilišta u Rijeci
Znanstvena djelatnost
Znanstveni radovi
2024.
Reshaping the discovery of self-assembling peptides with generative AI guided by hybrid deep learning
Njirjak, Marko; Žužić, Lucija; Babić, Marko; Janković, Patrizia; Otović, Erik; Kalafatovic, Daniela; Mauša, Goran
Nature Machine Intelligence
https://www.nature.com/articles/s42256-024-00928-1
Q1 WOS Exc
2023.
Configurable soft computing-based generative model: The search for catalytic peptides
Mauša, Goran; Njirjak, Marko; Otović, Erik; Kalafatovic Daniela
MRS Advances
https://doi.org/10.1557/s43580-023-00629-8
Q4 WOS
2022.
Sequential Properties Representation Scheme for Recurrent Neural Network-Based Prediction of Therapeutic Peptides
Otović, Erik; Njirjak, Marko; Kalafatovic, Daniela; Mauša, Goran
Journal of chemical information and modeling
http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00526
Q1 WOS
2022.
The Choice of Time–Frequency Representations of Non-Stationary Signals Affects Machine Learning Model Accuracy: A Case Study on Earthquake Detection from LEN-DB Data
Njirjak, Marko; Otović, Erik; Jozinović, Dario; Lerga, Jonatan; Mauša, Goran; Michelini, Alberto; Štajduhar, Ivan
Mathematics
http://dx.doi.org/10.3390/math10060965
Q1 WOS Exc
2022.
Intra-domain and cross-domain transfer learning for time series data – How transferable are the features?
Otović, Erik; Njirjak, Marko; Jozinović, Dario; Mauša, Goran; Michelini, Alberto; S̆tajduhar, Ivan
Knowledge-Based Systems
http://dx.doi.org/10.1016/j.knosys.2021.107976
Q1 WOS
Pozvana predavanja
30.8.2024.
Overcoming antibiotic resistance: A machine learning pipeline for antimicrobial peptide discovery
Njirjak, Marko; Otović, Erik
Firenca, Italija
7.2023.
Efficient evolutionary computing
Otović, Erik; Njirjak, Marko; Mauša, Goran
Coimbra, Portugal
7.2022.
Applying Soft Computing for Sustainability
Otović, Erik; Njirjak, Marko; Mauša, Goran
Rijeka, Hrvatska
Kongresna priopćenja
25.8.2024. - 31.8.2024.
AI-driven design of β-secretase 1 inhibitors
Njirjak, Marko; Kalafatovic, Daniela; Mauša, Goran
Poster
37th European Peptide Symposium and 14th International Peptide Symposium Firenca, Italija
6.2023.
Soft Computing Guided Discovery of Active Peptides
Mauša, Goran; Njirjak, Marko; Otović, Erik; Žužić, Lucija; Babić, Marko; Janković, Patrizia; Kalafatovic, Daniela
Poster, flash talk
28th American Peptide Symposium Scottsdale, SAD
1.12.2022.
Genetic Algorithm-enhanced Parallel Chemical Space Exploration Utilising Multiple Peptide Libraries
Njirjak, Marko; Kalafatovic, Daniela; Mauša, Goran
Poster
The 11th Austrian Peptide Symposium Beč, Austrija
30.10.2022. - 04.11.2022.
Soft computing for constructive peptide design and peptide activity prediction
Mauša, Goran; Otović, Erik; Njirjak, Marko; Erjavac, Ivan; Kalafatovic, Daniela
Poster
Chemistry and Biology of Peptides Gordon Research Conference Oxnard, Kalifornija, SAD
01.09.2022. - 02.09.2022.
Genetic Algorithm-Enhanced Parallel Chemical Space Exploration Utilising Multiple Peptide Libraries
Njirjak, Marko; Kalafatovic, Daniela; Mauša, Goran
Poster
5th RSC-BMCS / RSC-CICAG Artificial Intelligence in Chemistry Cambridge, Ujedinjeno Kraljevstvo
27.09.2021. - 28.09.2021.
Machine learning guided genetic algorithm for the discovery of novel antimicrobial peptides
Njirjak, Marko; Otović Erik; Kalafatović, Daniela; Mauša, Goran
Poster
4th RSC‐BMCS / RSC‐CICAG Artificial Intelligence in Chemistry Symposium London, Ujedinjeno Kraljevstvo
19.04.2021. - 30.04.2021.
Intra-domain and cross-domain transfer learning for time series
Otović, Erik; Njirjak, Marko; Jozinović, Dario; Mauša, Goran; Michelini, Alberto; Štajduhar, Ivan
Poster
EGU General Assembly 2021 Beč, Austrija
19.04.2021. - 30.04.2021.
Machine Learning Classification of Cohen's Class Time-Frequency Representations of Non- Stationary Signals: Effects on Earthquake Detection
Njirjak, Marko; Otović, Erik; Jozinović, Dario; Lerga, Jonatan; Mauša, Goran; Michelini, Alberto; Štajduhar, Ivan
Poster
EGU General Assembly 2021 Beč, Austrija
30.9.2020.
Smartphone Based Range of Motion Measurement in Physiotherapy
Njirjak, Marko; Otović, E; Budimir, Marko; Vlahović, H; Tomić, M; Marijančić, V
Prezentacija
2020 43rd International Convention on Information, Communication and Electronic Technology (MIPRO) Opatija/online
17.09.2020. - 19.09.2020.
Genetic Algorithm Parametrization for Informed Exploration of Short Peptides Chemical Space
Otovic, Erik; Njirjak, Marko; Zuzic, Ivana; Kalafatovic, Daniela; Mausa, Goran
Poster
SoftCOM 2020 Hvar, Hrvatska
Javno djelovanje
Popularizacija znanosti
2021.
Pint of Science
Rijeka/online
Intervjui
2022.
Grad znanja: Kava, kolač, algoritmi Marka Njirjaka
Stilueta
Rijeka
24.11.2019.
IT karijera u Hrvatskoj ili u inozemstvu? Inozemstvo je privlačno, ali "ljepše mjesto za rad od riječkog zaljeva zaista je teško pronaći"
Zimo (Dnevnik.hr)
Rijeka
Novinski članci
1.12.2019.
PUT U SHENZEN: Riječki studenti ostali oduševljeni posjetom Huaweiju
Novi list
Rijeka
13.11.2019.
Hrvatski studenti vratili se s prakse u Huaweiju puni dojmova: Jako nas cijene
Večernji list
Zagreb
4.11.2019.
Hrvatski studenti javili su se iz Huaweija: ‘Kompaniji su fokus zaposlenici, a Kinezi nas obožavaju zbog nogometa’
Telegram.hr
Zagreb
26.10.2019.
Predstavljeno prvih deset hrvatskih studenata koji odlaze na praksu u Huawei
Zimo (Dnevnik.hr)
Zagreb
Medijski nastupi
25.10.2020.
Konferencija za medije povodom odlaska u Huawei
Zagreb
Projekti
Znanstveni projekti
2020. - 2025.
Design of short catalytic peptides and peptide assemblies
Suradnik
HRZZ 1,999,600.00 HRK
2020. - 2023.
Applying Machine Learning for the Discovery of Peptides with Catalytic Activity
Suradnik
Sveučilište u Rijeci
2020. - 2023.
SUSTRAINABLE - Promoting Sustainability as a Fundamental Driver in Software development Training and Education
Suradnik
Erasmus+
2020. - 2021.
SARS-CoV-2 Supramolecular Mimetics for Discovery of Peptides That Induce Viral Entrapment
Suradnik
Sveučilište u Rijeci
Projekti u znanosti - Suradnik na projektu
Izv. prof. dr. sc.Goran Maušamag. ing. el.
Primjena strojnog učenja za pronalazak katalitički aktivnih peptida
Tehničke znanosti